Vor hundert Jahren wurde die Pfarrkirche in Altenthann in ihrer heutigen Gestaltung errichtet. Natürlich ist die Kirche in Altenthann älter als hundert Jahre. Es gab mehrere Vorläuferkirchen und sicherlich bestand erst mal eine einfache Holzkirche, in der die Gottesdienste gefeiert wurden.
Bereits in vorgotischer Zeit gab es vermutlich eine gemauerte Anlage, denn das Mauerwerk des Turmes im Untergeschoss gehört dieser Zeit an. Es wird sogar vermutet, dass dieser Turm ursprünglich der Bergfried der alten Burganlage gewesen sein könnte. Der ehemalige Treppengiebel des Turmes und die Anlage des Chores stammen aus der Gotik.
1712 wurde die alte Kirche von Pfarrer Wolfgang Gölzer, Benediktiner aus Frauenzell, umgebaut. Am 26. Mai 1782 brennen der alte Pfarrhof und das alte Schloss ab. Das alte Schloss wird neu aufgebaut, wobei die Außenmauer der Südseite mit sieben Fenstern und die Kellergewölbe wohl übernommen werden und es wurde von nun an als Pfarrhof genutzt.
Pfarrer Josef Schweiger, der von 1895 bis 1921 Pfarrer in Altenthann war, ließ die jetzige Kirche erbauen. Es war eigentlich ein vollständiger Neubau geplant. Beim Abriss der alten Kirche im Jahre 1904 blieben dann jedoch die Nordwand, das Untergeschoss des Turmes, der alte Chor mit den entsprechenden Mauerteilen erhalten und der neue Kirchenraum wurde nach Süden hin angeschlossen. Der Architekt Hauberrisser erbaute die Kirche im barocken Stil. Bei der Turmhaube griff er auf Vorbilder aus dem Rokoko zurück. Über die Baugeschichte, Details der Innenausstattung und die ausführenden Künstler gibt der Altenthanner Kirchenführer Auskunft.
Die neue Kirche erhielt im Oktober 1906 die Benediktion durch Pfarrer Josef Schweiger, damit sie dem gottesdienstlichen Gebrauch dienen konnte. – Erst unter Pfarrer Detterbeck wurde sie am 11. September 1932 durch Bischof Michael Buchberger geweiht.
1914 entsteht das Exerzitienhaus, welches später von den Dominikanerinnen des Klosters Heilig Kreuz übernommen wird.
Die heutige Pfarrkirche zum Hl. Nikolaus und zur Hl. Margarete mit dem Pfarrhof und dem „Kloster“ geben Altenthann das Gepräge eines barocken Pfarrdorfs und bilden das Zentrum des Ortes.